一、傳染病菌種毒種擴散罪處罰

根據《刑法》第三百三十一條之規定，犯本罪的，處三年以下有期徒刑或者拘役;后果特別嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑。

加重處罰事由犯傳染病菌種、毒種擴散罪而后果特別嚴重的，是本罪的加重處罰事由，這里的后果特別嚴重，是指致使多人死亡或者殘疾的等。

二、傳染病菌種毒種擴散罪的認定

(一)本罪與一般違法行為的界限

傳染病菌種、毒種擴散罪與違反國務院衛生行政部門作出的有關傳染病菌種、毒種的實驗、保藏、攜帶、運輸的規定的一般違法行為有某些相似之處，如二者都是違反了有關規定，主觀上對可能發生或已經發生的危害結果所表現出的心理狀態均為過失，等等。二者的主要界限應從危害結果上把握：前者必須造成了傳染病菌種、毒種擴散，并且引發了嚴重后果;后者則可能是并未引起菌種、毒種的擴散，或者是雖已造成傳染病菌種、毒種的擴散，但帶來的后果并不嚴重。

(二)本罪與危險物品肇事罪的區分

危險物品肇事罪，是指違反爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蝕性物品的管理規定，在生產、儲存、運輸、使用中發生重大事故，造成嚴重后果的行為。其區別表現在：

第一，二者侵害的主要客體不同。本罪侵害的主要客體是國家關于傳染病防治的管理制度;而后者侵害的主要客體則是公共安全;

第二，犯罪對象的性質不同。作為危險物品肇事罪的犯罪對象之一毒害性物品應是指敵敵畏、敵百蟲、砒霜、氰化鉀、氰化鈉、氧化樂甲等無機物，強調的是其劇毒性;而傳染病菌種、毒種屬有機物，其主要特點是傳染性，兩者存在顯著差異。

第三，犯罪主體不同。前者的犯罪主體是特殊主體，即只限于從事實驗、保藏、攜帶、運輸傳染病菌種、毒種的人員;后者的犯罪主體是一般主體，任何具備刑事責任能力的自然人均可構成該罪。

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