機關套取財政資金立案標準是：套取本單位資金數額在一萬元至三萬元以上，超過三個月未還的；套取本單位資金數額在一萬元至三萬元以上，進行營利活動的；套取本單位資金數額在五千元至二萬元以上，進行非法活動的。

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