清理可能采取的主要辦法，就是把部分符合一定條件的存量小產權房，通過補辦相關手續，繳納相應的稅費之后，納入廉租房、公租房、經濟適用房、限價商品房等保障房系列內;而對一些嚴重違反城市規劃和土地利用規劃，

非法占用耕地和基本農田的，建筑設計施工質量存在嚴重問題的“小產權房”，則采取改建或者拆除的強制辦法。

二、小產權房和大產權房怎么區分?

國家發產權證的叫“大產權房”，國家不發產權證的叫“小產權房”。大、小產權房的爭議不在房屋所有權，而是土地使用權。對小產權的解釋主要有3種：

1、是針對發展商的產權而言，將發展商的產權叫大產權，購房人的產權叫小產權，這種叫法是因為購房人的產權是由發展商一個產權分割來的。

2、是按房屋再轉讓時是否需要繳納土地出讓金來區分的，不用再繳土地出讓金的叫大產權，要補繳土地出讓金的叫小產權。按這種解釋普通商品房就是大產權房，經濟適用房就是小產權房。

3、是按產權證的發證機關來區分的，國家發產權證的叫大產權，國家不發產權證的，由鄉鎮政府發證書的叫小產權，又被稱為鄉產權，鄉產權并不構成真正法律意義上的產權。

前兩個解釋的小產權是合法的，只要交足購房款，或轉讓時補繳土地出讓金即可自由買賣，其法律規定較為明確。而第三個解釋的小產權的法律屬性存在較大爭議，拿不到真正法律意義上的產權證。

三、小產權房產生原因是什么?

1、城市房價過高：中國許多大中城市的高房價是催生小產權房的重要原因之一。由于中國經濟社會發展不平衡，若干大城市的房價長期快速上漲，遠遠超出了當時當地一般就業人員的收入水平。與此同時，政府經濟適用房、廉租房的建設無法滿足這些住房需求。小產權房存在著大量現實的購買群。

2、擦邊球的空間：根據法律規定，在農村集體所有的宅基地和集體建設用地上，農民可以自行經營，而且農民自建的住房也是可以進行交易的。 正是因為政策法律規定中存在很多模糊不清的地方，才導致了各地小產權房建設的泛濫，在合法與非法之間給小產權房留下了一個擦邊球的空間。

3、農地制度不合理：小產權房是農民集體自發在其集體所有的集體建設用地和宅基地上建設的房產，不需要繳納類似開發商為獲取土地交給政府的土地使用權出讓金;由村集體牽頭開發，省去了基礎設施配套費等市政建設費用及成本費。在這一開發過程中，農民集體通過出售小產權房獲得的收益高于政府征收土地的補償金額。

房管局一般不對小產權房的房屋使用人進行頒發產權證，所以使用人一般是不享有房屋的所有權的，這就意味著小產權房屋是不能進行房屋買賣和產權轉移的，如果行為人之間簽訂小產權房屋買賣合同的，人民法院會認為該合同是無效的，所以轉讓行為也是無效。