二者區別是三方協議書是明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務的書面表現形式，就業協議書是普通高等學校畢業生和用人單位在正式確立勞動人事關系前，經雙向選擇，在規定期限內確立就業關系、明確雙方權利和義務而達成的書面協議。

三方協議書是《普通高等學校畢業生、畢業研究生就業協議書》的簡稱，它是明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務的書面表現形式，能解決應屆畢業生戶籍、檔案、保險、公積金等一系列相關問題。協議在畢業生到單位報到（憑《全國普通高等學校本專科畢業生就業報到證》或《全國畢業生研究生報到證》）、用人單位正式接收后自行終止。

就業協議書《全國普通高等學校畢業生就業協議書》的簡稱，是普通高等學校畢業生和用人單位在正式確立勞動人事關系前，經雙向選擇，在規定期限內確立就業關系、明確雙方權利和義務而達成的書面協議，是用人單位確認畢業生相關信息真實可靠以及接收畢業生的重要憑據，也是高校進行畢業生就業管理、編制就業方案以及畢業生辦理就業落戶手續等有關事項的重要依據。