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檢察院不予起訴是指人民檢察院對偵查終結的刑事案件經審查后，認為依法不應追究犯罪嫌疑人的刑事責任、不需要判處刑罰或免除刑罰的或者經退回補充偵查仍證據不足的，作出不將犯罪嫌疑人移送人民法院進行審判的決定。

分為以下三種情況：

一、法定不起訴（決定不起訴）

犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有刑事訴訟法第十五條規定的情形之一的，人民檢察院應當作出不起訴決定。刑事訴訟法第十五條 有下列情形之一的，不追究刑事責任，已經追究的，應當撤銷案件，或者不起訴，或者終止審理，或者宣告無罪：（一）情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的；（二）犯罪已過追訴時效期限的；（三）經特赦令免除刑罰的；（四）依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律規定免予追究刑事責任的。

二、酌定不起訴（相對不起訴）

對于犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。

三、證據不足不起訴

對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定

由此可見，檢察院不予起訴的犯罪嫌疑人不會經歷法院審判階段，不負刑事責任，也就是說不會留下案底。