因為按照房改的有關規定，城市職工以標準價或成本價購買的房屋，在購房后5年之內不得上市交易;5年之后，如果出售房屋，原產權單位也有優先購買的權利。這樣的房屋在做產權驗證的時候，就會出現問題。

另外，由于小產權房不受法律認可，也不用在房管部門備案，不在政府機構監管范圍內，因此在使用房屋的過程中，如果遇到一些房屋質量問題、公共設施維護問題，其救濟途徑就非常有限。

對于買方來說，小產權房得不到法律的認可和保護，無法辦理合法的產權手續，購買后也不能合法轉讓過戶，對房屋的保值和升值也有很大影響。

除此之外，購買小產權房還會有辦稅辦證的風險，不能取得合法土地證和產權證，根據相關法律法規的規定，拆遷時，被拆遷房屋必須提供合法的土地使用權證和房屋所有權證作為補償的依據。